Si l'histoire de Saint Germain l'Auxerrois débute à l'époque mérovingienne, il ne reste aucune trace de cette période. La partie la plus ancienne est la tour romane, qui date du XIIe siècle. Au siècle suivant sont édifiés le portail occidental, le choeur et la chapelle de la Vierge. L'église est en grande partie reconstruite au XVe siècle, avec en particulier l'élévation du porche. Saint Germain l'Auxerrois devient une église royale lorsque les Valois s'installent à nouveau au Louvre (XIVe). C'est du clocher de Saint Germain que part le signal de la Saint Barthélémy en 1572.
          L'église est ravagée au XVIIIe siècle : le jubé construit au XVIe siècle disparaît, de même que les vitraux et le tympan du portail. A la Révolution, Saint Germain est convertie en magasin de fourrage puis en imprimerie. Des restaurations sont entreprises sous la monarchie de Juillet.

L'extérieur

Face à la cour carrée du Louvre, l'ensemble formé par Saint Germain l'Auxerrois et la mairie du Ier arrondissement, avec son magnifique beffroi, est plein de charme. Le porche est de style gothique flamboyant (XVe siècle). Les statues de saints que l'on peut voir actuellement datent du XIXe siècle.

Le portail, en revanche, est d'origine (XIIIe siècle), même si son tympan, qui était consacré au Jugement dernier, est détruit.

Les façades du transept datent du XVe.

L'intérieur

La nef, de style gothique flamboyant, est dotée de double collatéraux et comprend quatre travées. Son élévation est à deux niveaux. L'absence de triforium se fait au bénéfice de larges fenêtres hautes à cinq lancettes. Les croisées d'ogives sont ornées de médaillons dorés. Les collatéraux sont éclairés par des fenêtres à trois lancettes. Côté sud, le deuxième collatéral est aménagé en chapelle. Côté nord, la quatrième travée du premier collatéral est occupée par un banc d'honneur en bois surmonté d'un dais lui aussi en bois : il s'agit d'une oeuvre conçue par Lebrun pour Louis XIV. On ne constate aucun élargissement au niveau du transept. Les vitraux du croisillon droit datent du XVIe siècle. La rose représente Dieu entouré d'anges de martyrs et de confesseurs. Les verrières représentent des épisodes de la vie de la Vierge (Assomption, Couronnement de la Vierge) ainsi que l'incrédulité de Saint Thomas, et l'Ascension du Christ.

Le choeur est la partie la plus ancienne, mais il a été remanié au XVIIIe siècle (les piliers ont notamment été dotés de cannelures qu'ils n'avaient pas à l'origine). Avec ses cinq travées, il est d'une longueur supérieure à celle de la nef, bien que la largeur des travées soit moindre (ce qui se traduit par des voûtes barlongues plus allongées et des fenêtres hautes à deux lancettes seulement)

En ce qui concerne le mobilier, deux pièces sont particulièrement intéressantes : deux retables flamands.

Le premier se trouve dans la quatrième chapelle du collatéral gauche. C'est un retable anversois en bois verni datant du début du XVe. Au premier registre, scindé en 5 scènes, on trouve de gauche à droite : le mariage de la Vierge, la naissance du Christ, le songe de Jessé, (scène plutôt atypique pour un retable anversois), l'Adoration des mages et la Présentation au temple. Le registre supérieur représente de façon plus classique la montée au calvaire, la crucifixion et la descente de croix. La réalisation de ces trois scènes est très semblable aux scènes correspondantes du retable de la Passion qui se trouve au Louvre.

Le second, situé au niveau de la deuxième travée du choeur à droite, il met en scène des épisodes de la vie de la Vierge. Il s'agit d'un triptyque dont les volets sont peints tandis que la caisse comporte un ensemble sculpté en bois polychromé du XVIe siècle. Les parties peintes mettent en relation la Vierge et la rédemption qu'elle apporte (premier registre, la présentation de la Vierge au temple à gauche et l'Annonciation à droite) avec le péché originel (registre supérieur, la tentation à gauche et Dieu montrant l'arbre de la connaissance à Adam et Eve à droite).

Les parties en bois sculpté représentent :