Cette abbaye bénédictine aurait été fondée par Charlemagne sur le tombeau de St Papoul, un apôtre du Lauragais, disciple de St Sernin. Le monastère devient célèbre au XIe siècle grâce à Saint Béranger, un noble toulousain célèbre pour son ascétisme et qui fut ensuite objet d'un culte. Au XIIIe siècle, l'abbaye étend ses possessions jusqu'en Catalogne.

          En 1317, St Papoul est élevé au rang d'évêché par le pape Jean XXII. La cathédrale est pillée à deux reprises : en 1361, par des "routiers" et en 1595, par les protestants. Pour réparer ces outrages, des restaurations sont effectuées au XVII et XVIIIe siècle.