L'abbé Guillaume III (1074 - 1086) entame la construction de l'abbatiale actuelle, dédiée à Saint Théofrède, et des bâtiments monastiques.
Son successeur mène l'abbaye à son apogée. Dans la seconde moitié du XIIe siècle commence un lent déclin, en partie dû à la concurrence de nouveaux ordres et au pouvoir pontifical qui impose des abbés peu présents.
L'abbaye souffre ensuite des pillages organisés dans le sillage de la Guerre de Cent Ans. Vital Erailh (1434 - 1493) et François d'Estaing (1492 - 1504) redonnent un peu d'éclat à l'abbaye et restaurent l'église. Le choeur est refait. A partir de 1520, la famille de Saint-Nectaire monopolise la direction de l'abbaye. Son dernier représentant décide le rattachement du Monastier à l'ordre de Cluny (1667). Les abbés commendataires qui suivent n'y résident plus. Le monastère est fermé en 1786, alors qu'il ne compte plus que 20 moines. En 1793, les biens de l'abbaye sont vendus comme biens nationaux.