L'église est édifiée sur un lieu où saint Hilarian aurait été décapité en 730 par les sarrazins.
On ignore la date de fondation du monastère de Perse, près d'Espalion, mais celui-ci est cité dans un document de 1060, par lequel Hugues de Calmont en fait don à Conques. Ce passage sous l'égide de Conques permet une reconstruction de l'église, qui accueille les paroissiens d'Espalion. En 1472, Espalion se dote d'une église paroissiale plus centrale et le petit monastère, qui ne compte à cette époque que cinq moines commence à décliner. Deux chapelles sont ajoutées à cette période. Il est sécularisé en 1537. Il ne survit pas aux guerres de religions.