En 1428, les tremblements de terre qui touchèrent la région (Ripoll...) affectent l'église et entraînent quelques transformations qui s'achèvent en 1524. A cette époque une galerie supérieure est ajoutée au cloître. En 1554, pour assainir la région, les chanoines entreprennent d'assécher le lac qui donne son nom à la région.

Le chapitre est supprimé en 1592 par une bulle papale qui ferme les maisons canoniales augustiniennes. L'église devient une collégiale séculière puis une église paroissiale en 1775. D'importantes restaurations sont accomplies entre 1966 et 1970.